Turvalisus ja riskide juhtimine on oluline osa e-residentsuse toimimisest, et säilitada programmi ja Eesti kui digiriigi usaldusväärne kuvand.
Kuna e-residentsus võimaldab välismaalastel registreerida Eestis ettevõtteid, avada teatud tingimustel pangakontosid ja teha muid ametlikke toiminguid, on vajalik tagada, et sellise teenuse kasutamine ei tooks kaasa süsteemi kuritarvitamist ega negatiivseid tagajärgi Eesti majandus- ja õiguskeskkonnale või riigi usaldusväärsusele tervikuna.

E-residentideks on oodatud seaduskuulekad, usaldusväärsed ja heade kavatsustega välisriikide kodanikud, kes oma tegevusega soodustavad otseselt või kaudselt Eesti majanduse, teaduse, hariduse või kultuuri arengut. E-residentsuse peamine eesmärk on võimaldada ettevõtte loomist Eestis.

Eesti e-residendi digi-ID saamiseks saavad välisriikide kodanikud esitada Politsei- ja Piirivalveameti kodulehel taotluse. Taotluse läbivaatamiseks tuleb tasuda riigilõiv. Positiivse otsuse korral peab taotleja ilmuma isiklikult e-residentsuse väljastamise asukohta, milleks on üldjuhul mõni Eesti välisesindus, kus kinnitatakse tema isikusamasus ja väljastatakse e-residendi digi-ID kaart.

Kõik e-residentsuse taotlejad läbivad põhjaliku taustakontrolli, mille käigus Politsei- ja Piirivalveamet:

E-residentsust ei ole võimalik reeglina taotleda riikide kodanikel, kus esineb suurem rahapesu või terrorismi rahastamise risk või millega Eestil puudub justiits-, julgeoleku- või õiguskaitsealane koostöö. Alates 2022. aasta märtsist on e-residentsuse taotlemine piiratud Venemaa ja Valgevene kodanikele.
E-residentsuse väljaandmisest keeldumise aluseks võivad olla:

E-residentide järelevalve aluseks on riigi teadmine, kes on Eesti e-resident ja kellele on antud riiklik digitaalne identiteet. Selleks on oluline tagada e-residentide eel- ja järelkontrolli toimiv protsess, võimekus seirata ja analüüsida e-residentide digi-ID kasutust ning ebasoovitava tegevuse ilmnemisel tunnistada e-residendi digi-ID kehtetuks.
Seaduse kohaselt on e-residendi digi-ID kasutamise üle pädevad teostama riiklikku järelevalvet Politsei- ja Piirivalveamet, Kaitsepolitseiamet, Maksu- ja Tolliamet ning Rahapesu Andmebüroo.
